根据中国增值税相关规定，E公司是否可以抵扣6%税率的增值税专用发票进项税额，需满足以下条件：

1. 纳税人资格
   E公司必须是增值税一般纳税人（小规模纳税人不得抵扣进项税额）。

2. 用途符合规定

   • 该发票对应的支出需用于增值税应税项目（如销售货物、服务等）。
   • 若用于免税项目、简易计税项目、集体福利或个人消费（如员工餐饮、福利等），则不可抵扣。

3. 发票合规性

   • 发票必须为合法有效的增值税专用发票，信息完整且与E公司税务登记信息一致。
   • 发票项目为允许抵扣的范围（如咨询服务、信息技术服务等适用6%税率的应税项目）。

4. 其他限制

   • 若E公司属于贷款服务、餐饮服务等不可抵扣进项税的行业，即使取得专票也不能抵扣。
   • 需在发票开具之日起360日内勾选确认抵扣。

结论：
若E公司是一般纳税人，且该笔支出用于增值税应税项目，取得的6%税率专票符合上述条件，则可以正常抵扣进项税额。建议结合具体业务实质和税务政策进一步核实。