根据中国现行增值税政策，购进农民专业合作社销售的免税农产品可以抵扣进项税额，具体规定如下：

1. 政策依据

• 《财政部 国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号）：
  对农民专业合作社销售本社成员生产的农产品，视同农业生产者销售自产农产品，免征增值税。
• 《中华人民共和国增值税暂行条例》及实施细则：
  购进免税农产品，允许按照农产品收购发票或销售发票上注明的买价和规定的扣除率计算进项税额（现行扣除率为9%，用于生产13%税率货物的可加计1%扣除）。

2. 抵扣条件

• 销售方资质：必须是从农民专业合作社购进的农产品，且合作社销售的是本社成员自产的农产品（免税范围）。
• 凭证要求：需取得合法有效的抵扣凭证，包括：
  • 农民专业合作社开具的普通发票（注明农产品销售）；
  • 或税务机关代开的免税农产品销售发票。
• 用途限制：购进的农产品需用于增值税应税项目（如生产销售货物、加工修理修配劳务等），不得用于免税项目、集体福利或个人消费。

3. 抵扣计算方式

• 一般情况：
  进项税额 = 农产品买价 × 9%（扣除率）。
  例如：购进100元免税农产品，可抵扣进项税额9元。
• 用于生产13%税率货物：
  可加计1%扣除，即合计按10%扣除（需在领用时加计）。

4. 注意事项

• 发票内容：发票上必须明确注明农产品名称、数量、金额等信息。
• 非自产农产品：若合作社销售非成员生产的农产品（如外购后直接销售），不适用免税政策，需按适用税率开具发票（如9%专票），购买方凭专票抵扣。
• 风险提示：虚开发票或虚假交易将面临税务稽查风险，务必确保业务真实性。

5. 操作示例

• 情景：食品加工企业从某蔬菜合作社购入免税蔬菜10000元。
• 抵扣处理：
  可抵扣进项税额 = 10000 × 9% = 900元；
  若该蔬菜用于生产13%税率的罐头，还可加计1%（100元），总计抵扣1000元。

总结

购进农民专业合作社销售的免税农产品，只要符合政策规定的条件和凭证要求，即可合法抵扣进项税额。建议企业留存完整的交易合同、付款记录等资料备查，确保合规性。具体执行时，可咨询主管税务机关以获取属地化指导。