关于劳务派遣员工的工资及三项费用的扣除问题，主要涉及企业所得税和个人所得税的处理，以下是关键要点：

一、企业所得税中的扣除规定

根据《财政部 国家税务总局关于进一步明确全面推开营改增试点有关劳务派遣服务、收费公路通行费抵扣等政策的通知》（财税〔2016〕47号）及相关政策：

1. 工资薪金扣除

   • 用工单位支付给劳务派遣员工的工资、福利等费用，可作为 工资薪金支出 在企业所得税税前扣除，需符合合理性要求。
   • 需保留劳动合同（或派遣协议）、工资发放记录、社保缴纳凭证等资料备查。

2. 劳务派遣服务费扣除

   • 支付给劳务派遣公司的管理费（服务费）属于 劳务费支出，凭发票（增值税普通发票或专用发票）税前扣除。

3. 三项费用（福利费、工会经费、教育经费）

   • 福利费：不超过工资薪金总额14%的部分准予扣除。
   • 工会经费：不超过工资薪金总额2%的部分（需取得工会专用收据）。
   • 职工教育经费：不超过工资薪金总额8%的部分准予扣除（超过部分可结转以后年度）。
   • 注意：计算基数需明确是否包含派遣员工工资。通常用工单位实际承担的派遣员工工资可纳入基数。

二、个人所得税处理

1. 工资薪金所得

   • 劳务派遣员工的工资由用工单位支付或通过派遣公司代发，均需按 工资薪金所得 代扣代缴个人所得税。
   • 用工单位或派遣公司需履行扣缴义务，申报个税时需注明收入性质。

2. 社保及专项附加扣除

   • 派遣员工的社保通常由派遣公司缴纳，但用工单位需确保个税申报与社保缴纳主体一致。
   • 员工可享受的专项附加扣除（如子女教育、房贷利息等）由扣缴义务人（用工单位或派遣公司）在个税申报时处理。

三、注意事项

1. 发票与合同

   • 用工单位需取得劳务派遣公司开具的增值税发票（服务费部分），工资部分需有明细清单或银行流水佐证。
   • 派遣协议需明确工资、社保、服务费的承担方及支付方式。

2. 税务风险

   • 避免混淆工资与劳务费，若被认定为虚构派遣关系，可能面临纳税调整。
   • 派遣员工数量比例需合理，避免被认定为“假派遣、真用工”。

四、政策依据

• 《企业所得税法》及实施条例
• 《国家税务总局关于企业工资薪金和职工福利费等支出税前扣除问题的公告》（2015年第34号）
• 财税〔2016〕47号文件

建议结合具体业务情况咨询税务机关或专业税务顾问，确保合规性。