根据中国“营改增”政策及跨境税务相关规定，支付境外商标使用费需按以下要点处理增值税代扣代缴问题：

1. 判定应税行为

• 应税范围：向境外单位或个人支付的商标使用费（特许权使用费）属于增值税应税范围，税率为 6%（除非涉及零税率或免税情形）。
• 境内应税判定：若商标在中国境内使用，无论支付对象在境内或境外，均需代扣增值税。

2. 代扣增值税计算

• 计算公式：
  应代扣增值税 = 合同金额 ÷ (1 + 6%) × 6%
  （若合同金额为含税价，需先价税分离）

• 示例：支付境外企业商标使用费100万元（不含税）
  应代扣增值税 = 100万 × 6% = 6万元
  实际支付时需向境外支付94万元，6万元代缴税务机关。

3. 附加税费

• 需同时代扣 城建税（7%/5%/1%）、教育费附加（3%）及地方教育附加（2%），按代扣增值税额的12%计算（具体比例根据境内接受方所在地）。

4. 代扣代缴流程

1. 税务备案：支付方在付汇前需向主管税务机关提交《服务贸易等项目对外支付税务备案表》（单笔超5万美元时需备案）。
2. 申报缴纳：在纳税申报期内通过电子税务局或大厅申报，填写《增值税及附加税费申报表（代扣代缴）》。
3. 完税凭证：取得税收缴款书后，可作为企业所得税税前扣除凭证。

5. 税收协定优惠

• 若境外企业所在国与中国签订税收协定（如新加坡、香港等），可能享受特许权使用费 所得税税率优惠（如10%或更低），但需提交《非居民纳税人享受税收协定待遇备案表》。

6. 风险提示

• 未代扣风险：未履行义务可能导致补税、滞纳金及0.5-3倍罚款。
• 合规建议：
  • 核实境外企业是否构成“常设机构”，避免涉及企业所得税。
  • 留存合同、发票、备案表等资料备查。

政策依据

• 《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）
• 《中华人民共和国增值税暂行条例》
• 《非居民企业所得税源泉扣缴管理办法》（国家税务总局公告2017年第37号）

建议具体操作前与主管税务机关或专业税务顾问沟通，确保合规。