在中华人民共和国境内，继承商铺后再转让时，增值税的计征能否扣除被继承人原购房成本，需根据以下规定综合分析：

1. 继承环节：不征收增值税

• 根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号），继承不动产不属于增值税征税范围，因此继承时无需缴纳增值税。
• 继承后，继承人取得商铺的计税基础通常为被继承人原购房的历史成本（即原购入价）。

2. 转让环节：增值税计算规则

继承人转让继承取得的商铺时，需按“销售不动产”缴纳增值税，具体分为以下两种情况：

（1）一般计税方法（适用于一般纳税人）

• 可扣除原购房成本：以取得的全部价款和价外费用，扣除被继承人原购房发票金额后的余额为销售额，按**9%**税率计算增值税（商铺为不动产，适用税率9%）。
• 公式：
  [
  增值税 = (转让价 - 原购房成本) ÷ (1 + 9%) × 9% ]
• 条件：需提供原购房发票、继承公证文件等证明原成本的合法凭证。

（2）简易计税方法（适用于小规模纳税人或符合条件的一般纳税人）

• 不可扣除原购房成本：按转让价全额依5%征收率计算增值税。
• 公式：
  [
  增值税 = 转让价 ÷ (1 + 5%) × 5% ]
• 例外：若商铺为2016年4月30日前取得，可选择差额计税（转让价减去购置原价后按5%征收率）。

3. 关键注意事项

• 发票凭证：若原购房发票丢失或无法取得，可能无法扣除成本，需按全额计税。
• 持有时间：
  • 持有超过2年：免征增值税（仅限住宅，商铺不适用，需全额或差额纳税）。
  • 持有不足2年：按上述规则计税。
• 个人所得税：转让时还需按财产转让所得缴纳20%个税，允许扣除原购房成本及合理费用。

4. 政策依据

• 《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件2、3。
• 《国家税务总局关于房地产税收政策执行中几个具体问题的通知》（国税发〔2005〕172号）。

结论

可以扣除原购房成本，但需满足以下条件：

1. 采用一般计税方法（或符合差额计税的简易计税）；
2. 能提供被继承人原购房的合法成本凭证（如发票）。
   否则需按转让价全额计税。建议提前整理原购房资料，并咨询主管税务机关确认具体操作。