您好！这是一个非常重要且常见的税务问题。

核心答案：是的，源泉扣缴的非居民企业所得税，可以在非居民企业计算其应纳税所得额时进行扣除，但有一个关键前提：这笔税款是代表非居民企业缴纳的，并且该非居民企业在其居民国（地区）的税法中，允许用在中国缴纳的税款抵免其应缴的所得税。

下面为您详细解释其中的原理和操作：

1. 源泉扣缴的性质

根据中国《企业所得税法》及其实施条例，对非居民企业取得来源于中国境内的所得（如股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得、转让财产所得等），支付人有义务作为扣缴义务人，在支付款项时源泉扣缴企业所得税。

• 税率：通常适用10% 的预提所得税率（除非税收协定/安排规定了更低的优惠税率）。
• 特点：这是一种预扣税（Withholding Tax），其计算基础是收入全额，通常不扣除任何费用（除非另有规定）。它本质上是对非居民企业在中国取得所得的一种最终征税或预缴征税方式。

2. 能否在计算应纳税所得额时扣除？

这个问题需要从两个层面理解：

层面一：在中国计算应纳税所得额时 —— 不能扣除

在中国税法框架下，计算非居民企业某项所得的应纳税额时，其计算公式为： 应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率

而这个 “应纳税所得额” 在源泉扣缴的情况下：

• 对于股息、红利、利息、租金、特许权使用费所得，通常就是收入全额。
• 税金（包括被源泉扣缴的企业所得税）本身不属于成本、费用或损失，因此不能在计算“应纳税所得额”时从收入中扣除。计算应纳税所得额时，扣除的是与取得收入相关的成本、费用等，而税款是利润分配环节的产物。

简单比喻：你的收入是100元，税率是10%，应缴税10元。你不能说“因为我交了10元税，所以我的应税收入变成90元了”，这10元税是基于100元收入计算出来的，而不是计算收入的减项。

层面二：在非居民企业全球汇总计算应纳税所得额时 —— 可以抵免

这才是您问题背后的关键。虽然在中国计算时不能扣除，但这笔在中国已经缴纳的税款，对于非居民企业来说，是一笔预缴的所得税款。

当该非居民企业回到其居民国（例如：美国、英国、日本、香港等）进行全球所得汇算清缴时，其税务处理如下：

1. 全球收入汇总：该非居民企业需要将其全球范围内的收入（包括从中国取得的这笔收入）汇总，计算其全球应纳税所得额。
2. 计算全球应纳税额：根据其居民国的税法，计算出其全球收入应缴纳的所得税总额。
3. 税收抵免（Foreign Tax Credit）：为了防止国际双重征税，世界上大多数国家都制定了外国税收抵免制度。该非居民企业可以用在中国已经源泉扣缴缴纳的企业所得税款，去抵减其应缴纳给居民国政府的所得税总额。

举例说明： 一家新加坡公司（新加坡居民企业）从中国获得一笔特许权使用费收入100万元人民币。

• 在中国：支付方源泉扣缴企业所得税 = 100万 × 10% = 10万元。新加坡公司实际收到90万元。
• 在新加坡：
  • 该公司需要将这100万元（全额）计入其全球应税收入。
  • 假设其全球应税收入经过计算后，应缴纳的新加坡所得税为25万元。
  • 根据新加坡的海外税收抵免规定，它在中国已缴纳的10万元所得税可以用于抵免。
  • 最终，它在新加坡需要补缴的税款为：25万 - 10万 = 15万元。

这样，总体上，该笔100万元的收入总税负就是10万（中国）+ 15万（新加坡）= 25万元，避免了被中国和新加坡两国各征一次25万元（合计50万元）的双重征税问题。

总结与要点

1. 直接扣除？ 在计算来源于中国的单项所得的应纳税所得额时，不能将已扣缴的税款作为费用扣除。
2. 间接抵免？ 可以。在非居民企业其居民国进行全球汇算清缴时，这笔在中国已缴的税款通常可以申请外国税收抵免，用以抵减其在本国的应纳税额。
3. 关键前提：税收抵免的具体规则和限额取决于非居民企业所在国家（地区）的税法规定，以及该国与中国是否签订了税收协定（安排）。企业需要咨询其所在国的税务师，了解如何申请税收抵免。
4. 凭证重要性：为了在居民国成功申请抵免，非居民企业必须从中国扣缴义务人处取得合法的**《中华人民共和国税收缴款凭证（代扣代收专用）》**，这是其在海外缴税的唯一合法证明。

因此，您的问题的答案是：它不能作为费用在计算收入时扣除，但可以作为已缴税款在居民国抵免应纳税额。