关于房企违章建筑是否应征收土地增值税的问题，需结合土地增值税的立法目的、税收征管规定及违章建筑的法律属性综合分析。以下是关键点总结：

1. 土地增值税的征收范围

根据《土地增值税暂行条例》及实施细则，土地增值税针对 转让国有土地使用权、地上建筑物及附着物 并取得增值收益的行为征收。核心要件包括：

• 合法产权：转让的房地产需具备合法权属证明（如产权证、规划许可等）；
• 有偿转让：需存在交易行为（如销售、抵债等）。

2. 违章建筑的法律属性

违章建筑是指 未取得建设工程规划许可证或违反规划许可内容 建设的建筑物，其法律后果包括：

• 产权瑕疵：无法办理合法产权登记，原则上不得转让、抵押；
• 行政处罚：可能面临拆除、罚款或补办手续等处理。

3. 违章建筑是否征收土地增值税？

需分情况讨论：

（1）违章建筑直接转让

• 通常不征：因无法办理产权过户，交易行为本身违法，税务机关一般不予认定应税收入；
• 例外情形：若地方允许补办手续并实际完成转让（如通过罚款、补缴费用后合法化），可能对增值部分征税。

（2）房企销售商品房后，购房者自行违建

• 房企不涉及：土地增值税针对房企销售合法房产的增值部分，购房者后续违建与房企无关；
• 购房者责任：违建部分可能被城管部门查处，但不涉及土地增值税。

（3）房企以违章建筑抵债或作价投资

• 实务争议：若违章建筑被法院判决或协议用于抵债，部分地区可能参照评估价值征税，但存在法律风险。

4. 地方实践与风险提示

• 补缴后征税：部分地方允许违章建筑经处罚、补证后转为合法建筑，后续转让时征收土地增值税；
• 稽查风险：若房企通过“阴阳合同”隐瞒违章建筑交易，可能被税务机关核定收入并追缴税款；
• 政策差异：具体执行需咨询当地税务机关，如北京、上海等地对历史违建处理方式可能不同。

5. 建议措施

• 房企：确保开发项目手续合法，避免因违建导致销售受阻或税务争议；
• 购房者：查验房产合法性，违建部分可能无法确权且面临拆除；
• 税务处理：如涉及历史违建交易，需委托专业机构评估税收风险。

结论：违章建筑原则上不纳入土地增值税征收范围，但若经合法化处理后发生转让行为，则可能征税。具体需结合地方政策和个案情况判断。建议咨询税务律师或专业机构。