个人独资企业投资者转让企业权益时是否应缴纳个人所得税，需根据中国现行税法规定进行判断。以下是关键要点分析：

1. 转让性质的界定

• 企业整体转让：若投资者将企业资产（包括固定资产、存货、债权等）一并转让，需区分不同资产类型分别计税：
  • 不动产、土地使用权：按“财产转让所得”缴纳个人所得税（20%税率），可能涉及增值税、土地增值税等。
  • 存货：视为销售，按“经营所得”缴纳个人所得税（5%-35%超额累进税率），并涉及增值税。
  • 商誉、知识产权：按“财产转让所得”缴纳20%个人所得税。
• 投资者权益转让：若仅转让个人在企业中的权益（非资产），目前税法未明确将其归类为“财产转让所得”，但实务中可能参照执行，按20%税率征税。

2. 税法依据

• 《个人所得税法》规定，“财产转让所得”需缴纳20%个税，但未明确列举独资企业权益转让。
• 部分地区税务机关可能依据《税收征管法》第35条进行核定征收，尤其是转让价格明显偏低时。

3. 实务中的处理差异

• 地方执行差异：部分地区将权益转让视为“经营所得”终止，按清算所得征税（5%-35%税率）；部分地区按“财产转让所得”20%征税。
• 价格核定：若转让价低于净资产份额，税务机关有权核定应纳税所得额。

4. 建议操作

• 事前沟通：与主管税务机关确认当地执行口径。
• 完善资料：准备资产评估报告、转让协议等证明交易公允性。
• 税务筹划：在合法前提下，可考虑分步转让或调整交易结构（如先分配利润再转让）。

5. 风险提示

• 若被认定为避税（如低价转让给关联方），可能面临纳税调整及滞纳金。

结论：个人独资企业投资者转让权益通常需缴纳个人所得税，但具体税率和计税方式需结合转让性质、地方规定及税务机关认定。建议咨询专业税务师进行个案规划。