印花税的计税依据、计税金额及应纳税额的计算方法主要依据《中华人民共和国印花税法》及其实施细则的规定。以下是关键要点总结：

一、印花税的计税依据

1. 合同类凭证

   • 以合同所列金额为计税依据（如价款、报酬、租金等），不包括列明的增值税税款。若合同中未单独列明增值税，则按含税金额全额计税。
   • 特殊情况：
     • 应税合同未列明金额的，按实际结算时确定金额补税；不能确定的，按书立时市场价格或政府定价（需结合行业标准）。
     • 财产租赁合同：若租金分期支付且未列明总金额，先按5元贴花，结算时补税。

2. 产权转移书据

   • 以书据所列金额为计税依据（如不动产买卖、股权转让等），同样不含增值税。
   • 若转让价格明显偏低且无正当理由，税务机关可核定计税依据。

3. 营业账簿

   • 资金账簿：按实收资本（股本）和资本公积的合计新增金额计税；
   • 其他账簿：自2018年5月1日起免征。

4. 证券交易

   • 以成交金额为计税依据（A股、B股、股权转让等），无转让价格的按结算时的市场价格或净值。

二、计税金额的特殊规定

• 多税目合同：同一合同涉及多个税目（如购销+加工），分别列明金额的按各自税率计税；未列明的从高计税。
• 外币结算：按书立当日外汇牌价折算为人民币计税。
• 修改合同：增加金额的，需就增加部分补税。

三、应纳税额的计算方法

印花税采用从价计征或从量计征：

1. 从价计征（合同、产权书据等）：
   [
   \text{应纳税额} = \text{计税金额} \times \text{适用税率} ]
   税率示例：

   • 借款合同：0.005%（万分之零点五）；
   • 购销合同：0.03%（万分之三）；
   • 股权转让书据：0.1%（千分之一）。

2. 从量计征（部分凭证）：

   • 权利许可证照（如营业执照、不动产权证）：5元/件；
   • 其他营业账簿（已免税）。

四、注意事项

1. 税收优惠：
   • 小微企业借款合同、金融机构与小微企业签订的借款合同免税；
   • 个人销售/购买住房暂免印花税。
2. 纳税义务时间：合同书立或证券交易完成时；
3. 申报方式：按季、按年或按次申报，具体由税务机关核定。

示例计算

• 购销合同：合同金额100万元（增值税单独列明为13万元）
  计税依据=100万元，应纳税额=1,000,000×0.03%=300元。
• 股权转让：转让价格500万元（未含税）
  应纳税额=5,000,000×0.1%=5,000元。

如需具体业务判断，建议结合合同条款及税务机关解释执行。