在增值税处理中，继承商铺再转让时能否扣除被继承人的原购房成本，需根据中国现行税收政策及以下要点进行判断：

1. 增值税计税依据

• 一般情况：个人转让不动产（如商铺）的增值税通常以转让收入减去购置原价后的差额作为计税依据（适用差额征税）。但继承取得的房产，其“购置原价”的认定是关键。
• 继承环节的特殊性：继承属于“非购买”取得方式，被继承人原购房成本能否作为继承人的扣除项，需看继承人是否能够提供合法有效的原购房凭证（如原购房发票、契税完税证明等）。

2. 政策依据

• 财税〔2016〕36号文：规定转让不动产的销售额为取得的全部价款和价外费用扣除不动产购置原价后的余额。但未明确继承取得的情形。
• 实际操作：部分地区税务机关可能允许以被继承人的原购房成本作为扣除依据，但需满足：
  • 继承人能提供被继承人的原始购房发票及完税证明；
  • 继承环节本身不征收增值税（继承不属于增值税应税行为）。

3. 关键条件

• 凭证完整性：若继承人能提供被继承人购房时的合法凭证（如发票、契税证明），通常可扣除原价；若无法提供，可能按全额征税（如按转让收入的5%简易计税）。
• 地区差异：各地执行口径可能不同，需咨询当地税务机关。例如，某些地区可能要求继承时已对房产价值进行评估并缴纳相关税费，方允许扣除。

4. 其他税种影响

• 个人所得税：转让时需按“财产转让所得”计税，可扣除原值（即被继承人购房成本）及合理费用。
• 土地增值税：部分地区对个人转让非住宅按核定征收，可能不单独扣除成本。

5. 建议操作

• 保留原始凭证：确保被继承人的购房合同、发票、契税证明等文件完整。
• 咨询税务机关：提前与主管税务局沟通，确认当地对继承房产原价扣除的执行标准。
• 评估核定情形：若无法提供原凭证，可能适用核定征收（如按收入的一定比例计税）。

总结

若能提供被继承人的原购房合法凭证，继承后再转让商铺时通常可扣除原购房成本计征增值税；否则可能需按全额或核定方式缴纳。具体执行以当地税务机关答复为准。