在增值税期末留抵退税政策下，涉及的城市维护建设税（城建税）、教育费附加和地方教育附加的处理方式如下：

1. 增值税留抵退税与附加税费的关系

• 计税依据：城建税、教育费附加和地方教育附加以纳税人实际缴纳的增值税额为计税依据。若纳税人通过留抵退税退还了进项税额，相应减少了后续实际缴纳的增值税额，从而可能降低附加税费的计缴基数。
• 退税不影响已缴附加税费：留抵退税本身不直接退还已缴纳的附加税费，但会因未来应纳增值税减少而间接影响附加税费的缴纳金额。

2. 政策依据

• 财税〔2018〕80号文：明确规定对实行增值税期末留抵退税的纳税人，允许其从附加税费的计税（征）依据中扣除退还的增值税留抵税额。
  • 操作示例：若某月纳税人应纳增值税为100万元，同时收到留抵退税20万元，则附加税费的计税依据为80万元（100万 - 20万）。

3. 地方教育附加的特殊性

• 地方教育附加同样适用上述规则，计税依据需扣除退还的留抵税额。但需注意地方可能存在的细微差异（如费率），需结合当地具体规定执行。

4. 注意事项

• 纳税申报调整：纳税人需在申报附加税费时主动扣减退税部分，确保计税依据准确。
• 跨期处理：若退税涉及多个税款所属期，需按政策要求合理分摊扣除额。
• 地方性政策：个别地区可能有补充规定，建议咨询主管税务机关。

5. 示例计算

• 情景：某企业当月应纳增值税50万元，收到留抵退税10万元。
• 附加税费计算：
  • 城建税（7%）：(50万 - 10万) × 7% = 2.8万元
  • 教育费附加（3%）：40万 × 3% = 1.2万元
  • 地方教育附加（2%）：40万 × 2% = 0.8万元

总结

增值税留抵退税通过减少实际缴纳的增值税额，间接降低了城建税、教育费附加和地方教育附加的应纳税额。纳税人应准确调整计税依据，确保合规。具体操作中如有疑问，建议与税务机关沟通确认。