根据中国现行税收政策，个体工商户申请代开货运发票时，个人所得税的预征问题需区分具体情况，主要依据以下规定：

1. 一般规定

• 经营所得：若个体工商户从事货物运输业务并申请代开货运发票，其取得的收入通常按“经营所得”缴纳个人所得税。根据《国家税务总局关于落实支持小型微利企业和个体工商户发展所得税优惠政策有关事项的公告》（国家税务总局公告2021年第8号）等文件，部分地区税务机关在代开发票时可能按核定征收率预征个人所得税（如1%-3%不等），具体比例由地方税务机关确定。

2. 特殊政策（2021年起）

• 代开发票时暂不预征：对于符合条件的个体工商户（如从事货物运输的“双定户”或符合小型微利条件的主体），部分地区在代开发票时暂不预征个人所得税，改为由纳税人自行申报缴纳。例如，部分省份明确对货运发票代开环节不预征个税，纳税人需在年度终了后通过汇算清缴办理。

3. 地方执行差异

• 由于税收征管存在地方性差异，建议个体工商户在申请代开发票前：
  • 咨询当地税务机关：拨打12366或前往办税服务厅，确认当地是否预征及预征率。
  • 查看代开系统提示：电子税务局或代开窗口通常会显示应纳税费明细，包括是否预征个税。

4. 后续申报义务

• 即使代开时未预征，个体工商户仍需按《个人所得税法》规定，按期（月度/季度）或年度申报“经营所得”个人所得税，避免漏缴风险。

总结：是否预征个人所得税需结合行业类型、核定方式及地方政策综合判断，建议以主管税务机关的具体要求为准。