根据国家税务总局的相关规定，纳税人丢失增值税电子专用发票后，可按照以下步骤处理：

1. 无需申请遗失证明

增值税电子专用发票已采用电子形式，其法律效力、用途等与纸质发票相同。根据《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（2020年第1号），纳税人丢失电子专票后无需办理发票遗失证明，可直接通过以下方式解决：

2. 重新获取发票的途径

• 联系开票方重新发送：
  纳税人可联系销售方（开票方），通过电子邮件、二维码等方式重新获取原电子专票文件。电子专票可通过增值税发票公共服务平台开具，销售方可直接从系统中再次交付。

• 自行下载打印：
  若纳税人通过增值税发票综合服务平台或电子税务局接收过电子专票，可登录平台查询下载原发票，并打印纸质件作为入账凭证（需保存电子原件）。

3. 报销入账处理

• 根据《财政部 国家档案局关于规范电子会计凭证报销入账归档的通知》（财会〔2020〕6号），电子专票的纸质打印件需同时保存电子原件，方可作为合法凭证。
• 若无法取得电子原件，需联系开票方补发，否则可能影响税务抵扣或财务合规性。

4. 特殊情况处理

• 如销售方拒不配合或系统无法查询，可向主管税务机关说明情况，税务机关可通过税务系统协助查验发票信息真实性。

政策依据

• 《国家税务总局关于在新办纳税人中实行增值税专用发票电子化有关事项的公告》（2020年第22号）
• 《国家税务总局关于增值税发票综合服务平台等事项的公告》（2020年第1号）第四条

建议纳税人妥善保存电子发票源文件，可通过备份或存储至专用设备（如税务UKey）避免丢失。如有疑问，可拨打12366税务服务热线咨询。