在中国，跨国公司关联交易是否符合独立交易原则（即“公平交易原则”）的举证责任主要由税务机关和纳税人共同承担，但纳税人（企业）负有主要的举证责任。具体规定和操作依据如下：

1. 法律依据

• 《企业所得税法》及其实施条例（第四十一条、第四十三条）：

  • 企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或其关联方应纳税收入的，税务机关有权按照合理方法调整。
  • 企业需提供与关联方交易的相关资料，证明其交易符合独立交易原则。

• 《特别纳税调查调整及相互协商程序管理办法》（国家税务总局公告2017年第6号）：

  • 第十五条明确规定：税务机关实施特别纳税调查时，企业应承担举证责任，提供相关资料证明其关联交易符合独立交易原则。

2. 纳税人的举证责任

企业需准备并提交以下资料（包括但不限于）：

• 关联交易的相关合同、协议；
• 交易定价的依据（如可比性分析、转让定价方法的选择说明）；
• 可比企业的数据或行业基准分析（如采用可比非受控价格法、交易净利润法等）；
• 功能风险分析报告（证明交易各方承担的功能、风险与利润匹配）；
• 同期资料（包括主体文档、本地文档和特殊事项文档，若达到准备门槛）。

若企业未按要求提供资料，或提供虚假资料，税务机关有权依法核定应纳税额。

3. 税务机关的职责

• 初步审查：税务机关在调查中可要求企业限期提供资料，并对企业提交的证据进行审核。
• 调整权：若企业举证不足，税务机关有权采用合理方法（如可比非受控价格法、利润分割法等）调整应纳税所得额。
• 信息收集：税务机关可通过第三方数据、行业报告等补充验证企业交易的合理性。

4. 争议解决

若企业对税务机关的调整有异议：

• 可申请行政复议或提起行政诉讼，但需承担进一步的举证责任；
• 涉及国际税收争议的，可启动相互协商程序（MAP），但需提供更全面的证据支持。

5. 实务建议

• 合规准备：企业应完善转让定价文档（如同期资料），确保定价政策有合理依据。
• 动态监控：定期评估关联交易是否符合独立交易原则，尤其在业务模式或市场环境变化时。
• 专业支持：复杂交易建议借助专业机构（如税务师、律师）协助举证。

总结

在中国，跨国公司关联交易的独立交易原则举证责任以纳税人为主，税务机关保留调查和调整权。企业需通过完整、规范的文档和数据分析证明其交易的公允性，否则可能面临税务调整及滞纳金风险。具体操作需结合个案和最新政策（如BEPS行动计划下的国际税收规则）。