根据中国相关法律法规及国家税务总局的规定，对违纪行为所获利益的处理主要包括以下措施：

1. 追缴违法所得

• 税收违法行为：纳税人通过偷税、逃税、骗税、虚开发票等违纪手段获取的利益，税务机关将依法追缴其不缴或少缴的税款、滞纳金，并可能处以罚款（《税收征收管理法》第六十三条等）。
• 其他违纪行为：如涉及贪污、受贿等（如税务人员违纪），所得财物需依《监察法》《刑法》等予以没收或追缴。

2. 加收滞纳金与罚款

• 除追缴税款外，税务机关将按日加收滞纳金（通常为万分之五），并处以不缴或少缴税款50%以上5倍以下的罚款；构成犯罪的，移送司法机关。

3. 限制权益或资格

• 对严重税收违法者，可能纳入税收“黑名单”，依法限制其高消费、政府采购资格、融资授信等（《重大税收违法失信主体信息公布管理办法》）。

4. 刑事追责

• 若违纪行为构成犯罪（如逃税罪、虚开增值税专用发票罪），除经济利益被追缴外，责任人还将承担刑事责任（《刑法》第二百零一至二百零五条）。

5. 内部人员违纪处理

• 税务人员违纪的，依《公务员法》《行政机关公务员处分条例》给予处分；涉及犯罪的，移交司法机关。

法律依据

• 《税收征收管理法》及其实施细则
• 《刑法》涉税条款
• 《监察法》《公务员法》
• 国家税务总局相关规章（如税收“黑名单”制度）

总结

违纪所得利益需全额追缴，并可能叠加滞纳金、罚款、资格限制或刑事责任。具体处理以违法行为性质及情节轻重为依据。建议咨询法律或税务专业人士获取个案指导。