针对您的情况，以下是分步骤的专业建议：

1. 确认应税项目性质

• 税法依据：增值税税率适用取决于项目类型（财税〔2016〕36号文及后续政策）：
  • 9%税率：适用于建筑服务（如工程、安装）、不动产销售、交通运输等。
  • 3%征收率：小规模纳税人适用简易计税，或一般纳税人符合条件的简易项目（如清包工、甲供工程）。
• 自查要点：
  • 公司是否为一般纳税人？小规模纳税人默认3%征收率（2023年阶段性减按1%）。
  • 项目是否属于简易计税范围？如过去按3%开票，需核实是否符合简易计税条件（如合同条款、材料供应方式）。

2. 核查历史开票依据

• 可能原因：
  • 公司过去是小规模纳税人，现已转为一般纳税人；
  • 项目本身适用简易计税（如老项目、甲供工程）；
  • 政策过渡期优惠（如疫情期间小规模纳税人减按1%）。
• 行动建议：
  • 调取历史合同及税务备案，确认过往3%开票的合法性；
  • 如不符合简易计税条件却按3%开票，需补税并调整后续开票方式。

3. 当前开票处理

• 一般纳税人（非简易计税）：必须按法定税率9%开票，否则面临税务风险。
• 简易计税适用情形：若当前项目符合条件（如清包工、甲供材），可备案后按3%开票，但需与对方协商。
• 协商要点：
  • 提供政策依据，说明税率差异原因；
  • 若对方坚持9%，需评估是否调整报价（税率差异可能影响利润）。

4. 风险提示

• 税务稽查风险：错用税率可能导致补税、滞纳金及罚款。
• 合同合规：检查合同是否约定税率或“含税价”，避免纠纷。

5. 操作建议

1. 立即核实：财务部门调阅项目合同、税务登记及备案资料。
2. 咨询专管员：向税务机关确认项目适用税率。
3. 内部整改：若历史开票有误，主动补正并完善税务管理流程。

总结：税率选择需严格遵循税法规定，不可仅依据过往操作。建议优先确保合规性，再与客户协商解决分歧。如有复杂情况，务必委托税务师协助。