针对您描述的单位将废弃仓库无偿转让给定点治疗医院用于改造为负压隔离病房的情况，结合中国现行法律法规，以下是关键要点及建议：

一、税务处理要点

1. 增值税

   • 政策依据：根据《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号）第十四条，单位无偿转让不动产视同销售，需按公允价值缴纳增值税（一般计税税率9%或简易计税5%）。
   • 免税可能：若医院为公立或非营利性机构，且用于公益事业（如疫情防控），可依据《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号附件3）申请免税，但需提供相关证明文件（如政府批准文件、医院资质等）。

2. 土地增值税

   • 根据《土地增值税暂行条例实施细则》第二条，以房地产用于公益事业或社会公共利益（如医疗设施），通常可申请免征，但需与主管税务机关沟通确认。

3. 企业所得税

   • 无偿转让需按公允价值确认收入（《企业所得税法实施条例》第二十五条），但若符合公益性捐赠条件（通过公益性社会组织或县级以上政府），可能税前全额扣除（《企业所得税法》第九条）。

4. 契税

   • 医院作为受让方需缴纳3%-5%契税，但根据《契税法》第六条，用于非营利性医疗机构的医疗用房可能免征，需提供医院非营利资质证明。

5. 印花税

   • 产权转移书据按0.05%税率缴纳，双方均需缴纳，无特殊减免。

二、关键法律程序

1. 国有资产审批

   • 若仓库属于国有，需履行资产评估、主管部门审批（如财政局或国资委）及公开程序（《企业国有资产法》第五十三条），避免国有资产流失风险。

2. 产权登记与合同

   • 签订书面赠与合同，明确用途限制（如仅用于医疗），并办理不动产过户登记。若医院未按约定使用，可收回资产。

3. 规划与消防合规

   • 仓库改造需符合《医疗卫生机构建设标准》及消防规范，需向住建部门申请用途变更审批，确保改造合法。

三、建议操作步骤

1. 税务层面

   • 向税务机关提交免税申请（如适用），附医院非营利证明、政府抗疫文件等。
   • 留存仓库评估报告（如无偿转让的公允价值依据）。

2. 行政层面

   • 完成国有资产处置审批流程，公示无异议后办理过户。
   • 与医院签订协议，明确公益用途及违约责任。

3. 后续跟进

   • 监督医院改造进度，确保符合医疗用房标准。
   • 定期与税务、住建部门沟通，确保政策适用性。

四、风险提示

• 税务争议：若税务机关不认可公益性质，可能补缴税款及滞纳金。建议提前获取书面认定。
• 产权风险：未完成过户或用途违规可能导致法律纠纷，需严格履行程序。

建议咨询专业律师及税务师，结合地方政策细化方案。